根据全自动细胞计数仪在整个技术路线中的应用可分为以下几个方向
全自动细胞计数仪基于细胞悬浮原理，采用细胞显微图像分析技术，可以进行细胞浓度、细胞存活率检测，同时可绘制细胞大小直方图。具有全自动操作、无人为误差、快速(<30s/样品)、无需额外试剂，无堵塞及交叉污染等特点。
全自动细胞计数仪可以提供快速、简便和的细胞计数和存活率计数，无需使用血球计数器，克服了手工计数的繁琐和主观性，极大地节约实验时间，并能减少主观判断，避免产生错误。仪器原理：使用碘化丙啶染色剂，与细胞的DNA分子相结合，经绿色LED光源、CCD检测系统和分析软件检测，快速准确完成细胞计数和存活率计数。
根据全自动细胞计数仪在整个技术路线中的应用，大致包括如下方向：
诱导多功能干细胞(iPSoriPSC)与人胚胎干细胞（hESC）的相关研究
外周血单个核细胞（PBMCs）计数，因为PBMC往往小于10微米
原代细胞计数。原代细胞往往来源于组织，种类多样，如脂肪细胞、肝细胞、角质形成细胞和心肌细胞等
细胞培养中确定培养细胞的浓度
在流式细胞前确定细胞浓度，若浓度过高会导致流式细胞仪的堵塞
毒理学研究——对细胞进行一定条件的理化刺激前后进行总细胞/活细胞的计数，评估刺激条件的效果
病毒学研究——通过对感染细胞的计数分析评估病毒的感染强度
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